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差额征税融资租赁的计税依据是租金收入减去租金支出的差额。具体计算方法如下：
1. 首先计算出每个计税年度的租金收入总额和租金支出总额。
2. 然后将租金支出总额从租金收入总额中减去，得到差额。
3. 对差额进行税前扣除，即可得到应纳税所得额。
4. 最后按照差额征税的税率进行计算，得出应纳税额。

需要注意的是，差额征税融资租赁的税率为3%，即差额的3%为应纳税额。同时，如果差额为负数，则认为没有产生租金收入，不需要缴纳税款。