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个人所得税年度汇算清缴的计算方法和公式如下：
1. 计算应纳税所得额
应纳税所得额 = 年度收入总额 - 个人所得税起征点（目前为5000元）
2. 计算应纳税额

应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数

其中，税率和速算扣除数根据税法规定的税率表和速算扣除表进行计算。
3. 计算已缴纳的个人所得税
已缴纳的个人所得税包括工资、奖金、稿酬等所扣缴的个人所得税和自行申报的个人所得税。
4. 计算应补（退）税额

应补（退）税额 = 应纳税额 - 已缴纳的个人所得税

如果应补税额为正数，代表需要缴纳个人所得税；如果应补税额为负数，代表可以退还个人所得税。

以上就是个人所得税年度汇算清缴的计算方法和公式。