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根据《企业会计准则》和《小企业会计准则》的规定，专项应付款的处理方式存在以下不同：
1. 计量方法不同：大企业会计准则规定，专项应付款应按照实际发生额计量，而小企业会计准则规定，专项应付款应按照合同约定的金额计量。
2. 披露要求不同：大企业会计准则要求在资产负债表中单独列示专项应付款，同时在财务报表附注中披露该项款项的具体情况；小企业会计准则则要求在资产负债表中列示为应付账款。
3. 处理方式不同：大企业会计准则规定，专项应付款的支付应当直接计入当期损益，而小企业会计准则规定，专项应付款的支付应当计入当期的经营活动现金流量。

需要注意的是，对于大企业而言，如果专项应付款的实际发生额与合同约定的金额不一致，应当按照实际发生额计量，并在财务报表附注中披露原因和影响。而对于小企业而言，如果合同约定的金额与实际发生额不一致，应当按照合同约定的金额计量，并在财务报表附注中披露原因和影响。