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农产品加计扣除是指企业在购买农产品时，可以按照一定比例扣除相关费用，从而减少企业的应纳税所得额。具体计算方法如下：
1. 首先，要确定扣除的比例。根据国家相关规定，目前农产品加计扣除比例为9%。
2. 然后，需要计算企业购买农产品的总额。这里的农产品包括农作物、水产品、林产品等。
3. 接下来，按照9%的比例计算扣除金额。假设企业购买农产品的总额为100万元，则扣除金额为100万元 × 9% = 9万元。
4. 最后，将扣除金额从企业的应纳税所得额中减去，从而得到最终的应纳税所得额。

会计分录如下：

借：营业成本 100万元
贷：银行存款/应付账款 100万元

借：所得税费用 9万元
贷：应交所得税 9万元

以上分录仅供参考，具体会计处理应根据企业实际情况进行。