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个人所得税扣缴手续费是指代扣代缴义务人为代扣代缴个人所得税而支付给银行等第三方机构的手续费。如果代扣代缴义务人已经向个人所得税的征收机关缴纳了代扣代缴的个人所得税，但是由于某些原因未能向银行等第三方机构支付代扣代缴手续费，那么需要将手续费退付给代扣代缴义务人。操作流程如下：
1. 代扣代缴义务人向征收机关提交《个人所得税扣缴申报表》等相关材料，申报代扣代缴的个人所得税。
2. 征收机关核定代扣代缴义务人的申报材料，确认代扣代缴义务人需要缴纳的个人所得税金额。
3. 代扣代缴义务人向银行等第三方机构支付代扣代缴手续费。
4. 如果代扣代缴义务人未能向银行等第三方机构支付代扣代缴手续费，那么需要向征收机关申请退付手续费。
5. 征收机关审核申请材料，确认代扣代缴义务人确实未能支付手续费，然后将手续费退付给代扣代缴义务人。

需要注意的是，个人所得税扣缴手续费退付的操作流程可能存在一些地区性差异，具体操作时需要遵循当地征收机关的规定。