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非营利组织收到投资款时，应按照以下步骤做账：
1. 根据实际情况确定投资款的性质，例如是股权投资、债权投资等。
2. 根据投资款的性质，选择相应的会计科目进行记账。一般来说，股权投资应记入“长期股权投资”科目，债权投资应记入“长期债权投资”科目。
3. 根据实际情况确定投资款的金额，并将其记入相应的会计科目。
4. 如果投资款是以现金形式收到的，则直接记入“现金”科目；如果是以非现金形式收到的，则应根据实际情况选择相应的会计科目进行记账。
5. 在记账时，应注意将投资款与其他收入和支出进行区分，以便于财务报表的编制和分析。

需要注意的是，非营利组织在做账时，应遵守相关的会计准则和法规，确保财务报表的准确性和可靠性。