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在建工程是一项长期资产，应该归入固定资产科目。通常建议将在建工程设置为固定资产科目的子科目，以便更好地管理和跟踪。

具体来说，可以按照以下步骤设置在建工程的二级科目：
1. 在固定资产科目下创建一个名为“在建工程”的子科目。
2. 在“在建工程”子科目下创建二级科目，例如“土建工程”、“装修工程”、“机电工程”等，根据实际情况进行设置。
3. 每个二级科目下可以再创建三级科目，例如“土建工程”下可以创建“地基工程”、“结构工程”、“建筑工程”等。

在进行会计核算时，应根据实际情况将在建工程的成本进行分摊，并按照固定资产的管理规定进行折旧或摊销。