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在税务查询企业信息查询系统中，可以按照以下步骤查询企业的主要财务指标：
1. 登录税务查询企业信息查询系统；
2. 在系统首页上方的导航栏中，选择“财务报表查询”；
3. 在弹出的财务报表查询页面中，选择所需查询的企业，并选择相应的财务报表期间；
4. 在财务报表查询结果页面中，可以查看企业的主要财务指标，如资产总额、负债总额、营业收入、净利润等。

需要注意的是，税务查询企业信息查询系统中的财务指标仅供参考，具体的财务数据应以企业自身的财务报表为准。