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在员工工资的账务处理中，社保、公积金等扣款项目应该按以下步骤处理：
1. 计算应扣项目的金额：根据员工的工资和社保、公积金的比例，计算出应扣除的金额。
2. 制作工资表：在工资表中列出员工的工资、应扣项目的金额和实际发放的工资。
3. 记账处理：根据工资表中的信息，将应扣项目的金额分别记入社保和公积金的应付账款科目中，并将实际发放的工资记入员工的应付账款科目中。
4. 缴纳扣款项目：按照规定的时间和程序，将应扣项目的金额缴纳给社保和公积金管理机构。
5. 处理凭证：根据缴纳扣款项目的凭证，将社保和公积金的实付账款科目与银行存款科目进行对账处理。
6. 做好档案管理：将工资表、缴纳扣款项目的凭证和记账凭证等相关资料整理归档，以备日后查阅和审计。