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根据《中华人民共和国增值税法》和《中华人民共和国车辆购置税法》，运输企业购买车辆时支付的车辆购置税不属于增值税的计税依据，因此不能作为进项税额抵扣。

根据增值税法，进项税额抵扣必须符合以下条件：
1. 商品或服务必须与纳税人的应税销售活动有关；
2. 纳税人必须持有增值税专用发票或者其他符合国家规定的发票；
3. 纳税人必须按照法定程序办理税款缴纳手续。

车辆购置税是一种特殊的税费，不属于增值税的计税依据，因此无法作为进项税额抵扣。但是，购买车辆后，如果用于运输企业的生产经营活动，可以将购买车辆的成本纳入企业的固定资产，按照相关规定进行折旧计提，从而在企业所得税方面享受相应的税务优惠。