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根据情况描述，运输公司收到客户的货款，应该进行以下会计分录：
1. 收到客户货款的现金情况下，会计分录如下：
   借：现金账户
   贷：应收账款
2. 收到客户货款的银行转账情况下，会计分录如下：
   借：银行存款账户
   贷：应收账款

需要注意的是，以上分录是基于收到货款的情况，如果运输公司是提供服务后再收款的话，应该先进行服务收入的会计分录，然后再进行收款的会计分录。具体分录会根据公司的会计政策和会计准则的要求而有所不同，建议根据具体情况咨询会计专业人士或参考相关会计准则进行处理。