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纸质银行承兑汇票和电子承兑汇票在流转过程中的处理方式有以下不同之处：
1. 流转方式：纸质银行承兑汇票是以实体形式流转，需要通过邮寄或亲自交付给收款人。而电子承兑汇票是以电子形式流转，可以通过电子邮件、电子银行系统等方式传输给收款人。
2. 背书方式：纸质银行承兑汇票需要在背面进行手写或机打的背书，才能进行转让。而电子承兑汇票可以通过电子签名或数字签名等方式进行背书。
3. 风险控制：纸质银行承兑汇票在流转过程中存在着丢失、损毁或伪造等风险，需要注意保管和防范。而电子承兑汇票在流转过程中可以通过密码、加密等安全措施来保护其安全性。
4. 流转速度：纸质银行承兑汇票在流转过程中需要一定的时间来邮寄或传递给收款人，可能存在一定的延迟。而电子承兑汇票可以通过电子方式即时传输给收款人，流转速度更快。

总的来说，纸质银行承兑汇票和电子承兑汇票在流转过程中的处理方式有所不同，电子承兑汇票更加便捷和安全。但无论是哪种方式，都需要注意保管和防范，以确保汇票的安全性和有效性。