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一般有两种处理方式，按罚款后的金额开发票和按整体金额开发票都有可能，具体如下： 按罚款后的金额开发票 - 如果客户扣除的罚款属于销售折让性质，即因产品或服务质量等问题导致客户对部分价款进行扣除，那么可以按照扣除罚款后的实际收款金额开具发票。 - 在发票备注栏中注明罚款及相关情况，以便清晰记录和税务处理，同时需要根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》规定，如之前已开具全额发票，需就折让金额开具红字发票冲销。 按整体金额开发票 - 若客户扣除的罚款不属于销售折让，而是一种违约赔偿或其他性质的罚款，且不影响合同主体业务的应税收入确认，通常应按合同约定的整体金额开具发票。 - 对于扣除的罚款，企业可将其作为营业外支出处理，但需注意取得相关的罚款通知单、转账支付记录等作为企业所得税税前扣除的凭证。