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但为啥报税系统按5000报不了

当然，9月工资，10月发放并扣税，11月申报。

我们单位是10月申报

10月不申报不是出现空档

10月可不申报?跨月再申报

本单位是9月工资10月发，10月就报税，按5000元扣减，现在怎么办?

您之前做的错了。有单位10月发了员工9月的工资，税款所属期本应是10月，申报期在11月, 适用扣除扣除税法修改后的5000元减除费用和新税率表，但因为误将税款所属期认定为9月，而提早在10月份申报期内就办理了扣缴申报，适用税法修改前的3500元减除费用和旧税率表，如果想在10月申报期内改回正确的申报做法,可以在10月份申报期内，对税款所属期9月进行一次零申报(即在扣缴客户端软件中选择自动为每个员工生成零收入的申报记录) , 并自11月申报期起恢复正常申报(即到了11月份再申报税款所属期(工资发放时间)为10月的个人所得税)。不过用这样的方法进行调整,员工在未来打印个，人所得税申报清单时,会有一个月的零申报记录,不利于体现员工的连续就业情况，可能影响当地购房资格等,还请扣缴单位综合各项因素,判断采用上述调整方法的可行性。

有没有更好的方式?

错在之前，总须有所承担，这也是“权衡”吧。