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您好，一般情况下，农村合作社开出的农产品零税率的发票，不能计算抵扣增值税的。如果是农业生产者开出的免税发票，一般纳税人收到这种发票，可以计算抵扣增值税的。 票面零税率和免税发票的区别是 1适用范围不同 财税〔2016〕36号文附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第十五条第(四)项规定，境内单位和个人发生的跨境应税行为，税率为零。具体范围由财政部和国家税务总局另行规定。 财税〔2016〕36号文附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》规定了四十类项目免征增值税;财税〔2016〕36号文附件4《跨境应税行为适用增值税零税率和免税政策的规定》也规定了一些跨境应税行为适用增值税免税政策的情形。 可见，增值税零税率仅仅适用于跨境应税行为，而增值税免税政策不限于跨境应税行为，也适用于境内发生的应税行为。 此外，财税〔2016〕36号文附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第十九条规定，小规模纳税人发生应税行为适用简易计税方法计税;第三十四条规定，简易计税方法的应纳税额，指按照销售额和增值税征收率计算的增值税额，不得抵扣进项税额。可见小规模纳税人计算增值税额时适用征收率，但是由财税〔2016〕36号文附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第十五条的规定可知，零税率是增值税税率的一种，所以增值税零税率政策仅适用于一般纳税人，不适用于小规模纳税人。增值税免税政策适用于一般纳税人和小规模纳税人。 2.增值税优惠幅度和进项税额抵扣待遇不同 增值税零税率不仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳增值税，而且，以前各交易环节(或流通环节)的累积增值额也不用缴纳增值税，具体通过允许抵扣进项税额来实现。但增值税免税政策仅仅是本交易环节(或流通环节)的增值额部分不用缴纳增值税，进项税额不允许抵扣，计入交易成本，如果税务和会计上已经抵扣了，需做转出进项税额处理。 3.税收管理要求不同 零税率是增值税税率的一种，只要符合税法规定，就可以适用增值税零税率，并按月向主管退税的税务机关申报办理增值税退(免)税手续。增值税免税是一项税收优惠政策，一般需报税务机关备案。 简易计税方法前提下没有区别 财税〔2013〕37号[全文废止，参看财税[2016]36号]文件明确规定：“提供适用零税率的应税服务……适用简易计税方法的，实行免征增值税办法。”可见，在这种情况下，两者没有区别。 适用简易计算方法的有两种纳税人：小规模纳税人；选择了简易计税方法的一般纳税人。 一般计税方法前提下区别明显免征增值税：应纳增值税为0，同时不能抵扣进项税额。 适用零税率：增值税应纳税额=销项税额-进项税额，适用零税率即销项税额为0，应纳税额=0-进项税额。这意味着可以退还税款，或进项留抵。通过公式计算，有助于理解财税〔2013〕37号[全文废止，参看财税[2016]36号]文件附件4第四条规定：“提供适用零税率的应税服务，如果属于适用增值税一般计税方法的，实行免抵退税办法。” 相比之下，适用零税率比免征增值税更实惠。这就有助于理解财税〔2013〕37号[全文废止，参看财税[2016]36号]文件附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第四十四条规定：“纳税人提供应税服务同时适用免税和零税率规定的，优先适用零税率。” 附件4第四条规定：“外贸企业兼营适用零税率应税服务的，统一实行免退税办法。”表面看，似乎给外贸企业以更多的扶持。但实际上，免退税包括免税和退税，如果外贸企业选择了简易计税方法，因为不能抵扣进项税额，同样只能免税，没有退税。 税收管理要求不同 增值税有多档税率，零税率也是增值税的一档税率，只要符合文件规定，就可以适用零税率。无须税务机关审批或备案。 但免征增值税却是税收优惠，要遵循税收优惠管理的相关要求，或先经税务机关审批，或报送税务机关备案。 纳税人可以主动放弃免税优惠(包括减税优惠，下同)。但一经放弃，36个月内不得再申请免税。《财政部、国家税务总局关于增值税纳税人放弃免税权有关问题的通知》(财税〔2007〕127号)规定：“要求放弃免税权应当以书面形式提交放弃免税权声明，报主管税务机关备案。”而且“一经放弃免税权，其生产销售的全部增值税应税货物或劳务均应按照适用税率征税，不得选择某一免税项目放弃免税权，也不得根据不同的销售对象选择部分货物或劳务放弃免税权。” 纳税人也可以放弃适用零税率，选择免税或按规定缴纳增值税。放弃适用零税率后，36个月内不得再申请适用零税率。但如何办理放弃适用零税率手续，暂无规定。 对企业所得税收入影响不同 适用零税率与免征增值税的区别还影响到企业所得税。 直接减免的增值税属于财政性资金。而财政性资金要时符合三个条件，才可以作为不征税收入——企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件;财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求;企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。具体文件见《财政部、国家税务总局关于财政性资金行政事业性收费政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》(财税〔2008〕151号)和《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税〔2011〕70号)。从实际情况看，很多企业都无法同时达到这三条，往往被税务机关检查时并入收入总额，计算补缴企业所得税。 出口退税则不视为财政性收入，不计算缴纳企业所得税(见财税〔2008〕151号文件)。