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具体如何抵扣呢？是否是可以一部分由于抵扣工资薪金应缴税额，一部分抵扣年终奖吗？

可以的，这个可以自行抵扣，不超过限额就好。 ●居民个人发生的公益捐赠支出，在综合所得、经营所得中扣除的，扣除限额分别为当年综合所得、当年经营所得应纳税所得额的30%；在分类所得中扣除的，扣除限额为当月分类所得应纳税所得额的30%。 ●个人可根据各项所得的收入、公益捐赠支出、适用税率等情况，自行决定在综合所得、分类所得、经营所得中扣除的公益捐赠支出的顺序。

那HR具体怎么进行拆分的个税申报工作呢？

这个就要靠员工提供材料了呀，现在个税都是靠个人，公司也只是代理申报。