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农产品进项税额加计扣除最早出现于2017年，涉及三个文件经历两次调整.《财政部、国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定，自2017年7月1日起简并增值税税率结构，取消13％的增值税税率纳税人销售或者进口农产品（含粮食）税率调整为11％同时规定，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17％税率货物的农产品维持原扣除力度不变，保持13％的扣除率，即按当时农产品适用的11％税率加上2％的加计扣除率.自2018年5月1日起，《财政部、国家税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）将原适用11％扣除率的购进农产品，扣除率调整为10％对纳税人购进用于生产销售或委托加工16％税率货物的农产品，给予2％的加计扣除即按照12％的扣除率计算进项税额.自2019年4月1日起，39号公告将农产品税率进一步调整为9％，同时将加计扣除率调整为1％。