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已经在项目所在地预缴了，那项目上的工人工资就不进个税系统申报了吗？

六、个人所得税 全员全额明细申报 总承包企业、分承包企业派驻跨省异地工程项目的管理人员、技术人员和其他工作人员在异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由总承包企业、分承包企业依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。 跨省异地施工单位应就其所支付的工程作业人员工资、薪金所得，向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。凡实行全员全额扣缴明细申报的，工程作业所在地税务机关不得核定征收个人所得税。（国家税务总局公告2015年第52号） 省内异地施工作业人员比照上述规定执行。

按理论是可以，但是实务中就不好说，实务中我是看反馈不是这样，机构所在地也需要申报，你最好全员申报完税证明是拿申报去异地预缴税款，这个说交过个税，叫异地税局不要扣了

预缴的个税是公司承担的，那在第二年汇算时要不要把企税的应纳税所得额调增呢？

是的，你要是做公司费用，这个影响利润总额话，这个是需要纳税调增