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分公司如果是非独立核算单位就可以代总公司付款，分公司如果是独立核算单位，就不可以代总公司付款。对客户总公司开具的增值税发票,一般要对应：由总公司付款，这是收票单位必须与付款单位一致的要求所规定。 分公司与总公司如果经税务部门批准可以汇总后统一纳税的，进项税金可以由总公司抵扣。如果属于独立核算并且分别纳税的，两者属于不同的纳税主体，则不允许。