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那我在北京给发工资的时候用在个税系统里申报他的信息吗？

可以的，没问题的哈

申报的时候可以把给他代缴的社保填在里面？是外地的社保，不是北京社保

最好不要填，他自己年终汇算的时候自己做

那这样他交的个税不就变多了啊

参考《财政部国家税务总局关于基本养老保险费 基本医疗保险费 失业保险费 住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）的文件规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。 　　根据上述文件规定，异地以个人名义缴纳的社保，原则上可以在工作地计算工资个税时扣除，但具体扣缴标准按主管税局的要求执行。