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那么这种情况可以在预缴时扣除分包款吗

 你好；     是的；  根据关于发布《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》的公告（国家税务总局公告2016年第17号）的规定：“第四条 纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，按照以下规定预缴税款： （一）一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款。 （二）一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，选择适用简易计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。 （三）小规模纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。” 所以，建筑企业预缴税款时，如果存在分包款，均可以以扣除支付的分包款后的余额，预缴增值税。