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首先，在开具发票的时候，应该根据实际情况准确开具发票，以免出现这类问题。但是，当涉及到开具发票差额时，应进行如下处理： 1）先把实际收费金额记入银行流水，便于随时查阅； 2）如果金额有所减少，则在发票上注明“实付款金额为900元，现金收款900元”，让当事人签字确认，并在确认书上注明：“实际收费金额900元”，以及记录详细的扣款情况； 3）如果金额有所增加，确认书上应注明：“实际收取金额1000元，现金收取金额900元，等当事人补足100元发票金额后，方可开具发票”，让当事人签字确认，以减少税务调查风险； 4）把出票时的实际收入和开票情况进行记录，包括发票编号、开票日期及税价等，以便于查询和查账； 5）定期向税务机关进行申报，以便排除税务风险。 以上是关于开具发票差额时，应如何处理的拓展知识，发票差额问题一定要妥善处理，以免影响财会正常运转，也要减少税务调查风险。