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根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人代开运输服务费99000普票需要交个人所得税。 根据《办法》的规定，个人所得税的征收形式是按照三种方式来实施，即核定征收、一次性收缴和按期预缴。对于个人代开运输服务费99000普票，应当采用核定征收的方式，即企业向税务机关申报财务会计核算报表，依据企业实际计提的个人所得税，由税务机关核定征收。 此外，《中华人民共和国个人所得税法》还规定，税务机关根据申报的财务会计核算报表，对其他应纳税所得项目应当按照所得项目的不同类别，依法征收所得税。 因此，企业办理个人代开运输服务费99000普票，需要交个人所得税，应当采用核定征收的方式，按企业实际计提的个人所得税申报，由税务机关核定征收。 拓展知识： 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税征收的主体包括居民个人和非居民个人，征收范围包括工资、薪金、劳务报酬以及稿酬等应纳税所得项目，它们属于收入所得，应予征收个人所得税。