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全员全额扣缴申报与自行申报和综合所得汇算清缴相比有许多不同之处。 首先，全额扣缴申报是国家税务机关根据纳税人确定各项税收的累计估算税款，由纳税人向税务机关交税；自行申报则是纳税人根据税法和税收政策，核算、结算自身所得税，并由纳税人向税务机关缴纳税款的税务申报活动；而综合所得汇算清缴，是指纳税人根据当年度纳税义务计算累计税额，缴纳应纳税额，抵扣前年度累计欠税后，封闭本企业纳税业务的过程。 其次，全额扣缴申报与自行申报有很大不同，全额扣缴申报是由税务机关根据纳税人报告的纳税义务，确定各项税收的累计估算税款，由纳税人向税务机关交税；自行申报则是纳税人根据税法和税收政策，核算、结算自身所得税，并由纳税人向税务机关缴纳税款。 最后，综合所得汇算清缴是对纳税人在本企业纳税期间内，累计缴纳税款状况进行总结和结算，将当年缴纳的税款减去前年度累计欠税，确定当年度应交税款的过程。 总而言之，全员全额扣缴申报、自行申报和综合所得汇算清缴等方式，在具体操作上都有明显的不同。纳税人应做好对账核对工作，以确保企业的正常缴纳税款。 拓展知识：纳税人意外失败或拖欠企业所得税，可以申请网上税款缴款或者纳税支行进行网上缴款，以有效履行税款缴纳义务。