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根据《增值税暂行条例》的规定，只要符合免税范围和抵扣条件的进项税额，都可以抵扣增值税，但有时由于一些原因可能只能抵扣部分，例如：1.购买的产品价格超出本月的合同价格；2.违反规定的购买进项发票；3.进项发票与指定的货物不一致等；因此，当发现一定原因只能抵扣部分进项税额时，可以选择先进行认证，确定可以抵扣的税额，然后只抵扣部分进项税额，以及进项发票的一般处理流程是：1.根据进项发票的内容和税务部门的要求，将进项发票填写正确；2.将进项发票认证并签字；3.上传认证后的发票至税务机关；4.把认证过的发票打印出来，并与销项发票关联；5.保存纸质发票及其相关凭证作为记录。拓展知识：为加强进项发票审核，税务机关现在也在推行“新版发票”，也就是电子增值税发票。它的出现，使得认证及抵扣的流程变的更加便捷安全，也更好的避免税务逃漏和误报税款。