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是的，不抵扣的增值税留底可以申请退税。 税收管理机关根据实际情况，对企业缴纳的增值税留底，可以准予申请退税。根据《增值税管理条例》的规定，企业应当向税收管理机关提供可以证明企业是否应当获得增值税留底退税的有效证明。 通常情况下，申请者可以提供企业购买非劳务费用，购置固定资产、劳务维护、支付工资福利、购置原材料、支付增值税进口关税等相关费用的有效财务凭证来证明是否应当享受增值税留底退税。 另外，根据规定，投资者针对投资所需的准备费用，可以向国家税务机关申请退税，这些准备费用包括投资建设的费用、取得投资许可手续的费用、购买投资企业的产权的费用等。 综上所述，不抵扣的增值税留底可以申请退税，但是申请企业应当向税收管理机关提供可以证明企业是否应当获得增值税留底退税的有效证明，以及投资者可以向国家税务机关申请退税，从而最大限度利用增值税留底。 拓展知识：原则上，申请者应当遵守增值税法律法规，如果违反了法律法规，将不予退税。