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普通员工申报个人所得税时，请假等迟到款应该在申报前扣除，以便确保财务和税务数据的准确性，并保持公司的合规性。在准备个人所得税报表时，应当仔细查看员工的薪资记录，将请假等迟到扣款明确地记入个人所得税报表的扣款项中，以便在申报时以正确的数据报出税务局。拓展知识：个人所得税报表中也要清楚记录员工的社会保险费用，并需要将公司支付的社会保险费用计入个人所得税报表，便于查验税务局所需的财务资料。