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虚开增值税被罚时，应补税款的计算是：应补税款=虚开金额×应纳税率-已缴纳税款；虚开金额即为含税价或按税率计算的税额。 比如，一个企业通过虚开增值税发票虚开金额为2万元，税率为3%，则应补税款=2万元×3%-已缴纳税款。如果企业已经缴纳了一定金额的税款，则从已缴税款中扣除，可计算出应补税款的金额。 另外，不仅仅有虚开发票的情况会造成纳税义务人应补税款的情况，还有漏扣漏缴的情况也会产生应补税款的问题。比如，企业漏抵扣增值税进项税额，则应补税款=漏抵扣的金额×应纳税率-已缴纳税款。 拓展知识： 企业应补税款后，有一定的补缴税款减免政策，一般分为总额减免和分类减免两种。总额减免按照本期应缴纳税款和本期应补缴纳税款的比例，对本期应补缴税款进行减免；分项减免按照规定，对固定项目的应补缴税款进行减免。