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小规模纳税人第三季度50万增值税申报表填写需要按照以下步骤进行： （1）填写申报表格上的其他信息，包括纳税人名称、纳税人识别号、财务期结束日期等。 （2）填写本期应纳税额明细表：在每一栏中分别填写应税项目的税率、应纳金额、减免金额和本期应纳税额等。 （3）根据附表1确定本期销项税额，在申报表上填写本期销项税额的合计额。 （4）在申报表上填写本期进项税额。 （5）填写差额税额：本期应纳税额减去本期销项税额和本期进项税额之后，得出本期应补（退）税额，在申报表上填写本期应补（退）税额。 （6）对申报表上填写的信息进行核对，进行核算审核后提交税务机关备案。 以上就是小规模纳税人第三季度50万增值税申报表填写的步骤。需要注意的是，在填写申报表的同时，要按照税务机关、财务期结束日期等规定的时间提交税务机关申报和备案，以保证税务归集的准确性和及时性。此外，在申报表的填写和提交中，要注意记录每一步的审批和签字，以便在今后的税务审计中查阅。