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单位代员工填写专项附加扣除和员工自己在手机上下载APP填可有很大的区别。 首先，对于单位代员工填写专项附加扣除，其填写必须按照当地出台的政策标准进行一一认定，否则会影响纳税人实际扣减，并且必须通过有效核销方式，才能够帮助企业提高工作效率。而对于手机上下载APP填可，可以加快企业的业务处理过程，实现移动办公的效率提高。 此外，单位代员工填写专项附加扣除涉及到企业纳税行为，企业必须按照当地政策标准进行处理，且必须要记录税款申报等一系列过程，以确保税收正确；而手机上下载APP填只要求员工按照规定填写好本人信息，不需要太多专业技术，更加便捷高效。 拓展知识：专项附加扣除指的是特定纳税人可以在应税所得中减掉一定比例的税负，专项附加扣除的依据是《中华人民共和国个人所得税法》规定的税收优惠政策。该优惠政策以一定比例减免纳税人的税负，以鼓励公民参与公共支出的建设及提供公共服务，从而提高个体的购买力，推动经济发展。