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在进行留底退税时，要在增值税报表上转出进项税，就是把经营者从供应商处收到的税款，在确认进项税额后，从税务网站登记应退税款的税务报表上转出进项税。转出方式有以下几种： 1、单位自行转出，即纳税人本身进行转出，只需使用税务网站已有或税务机关提供的数据； 2、财务列支转出，即由纳税人的财务部门列支转出，需出具一定的证明文件； 3、税务机关代转，由税务机关根据纳税人提交的申请和相关证明材料，在税务网站上进行转出； 4、网上代转，纳税人的税务经办人在登陆税务网站后通过网上办税服务大厅可以进行转出操作。 在进行留底退税时，除了需要在增值税报表上把进项税转出之外，还需要提供相关证明文件，证明购买方对进项税有正确的抵扣申报。此外，企业也要注意增值税报表应抵扣和实际抵扣的税额之间的差额，查明差额的原因，以防进项税转出不当造成不可抗拒的风险。