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是的，公司发票留底未认证的发票到年报的时候，如果还有上百万未认证，税务局是可以查到这些未认证发票的。 税务局会通过对公司废弃发票的检查来发现未认证的发票。 如果发现未认证的发票，税务局有权查封公司的账务处理文件，申请审查，搜查及查封公司的财产。 如果发现未认证的发票，税务局可以对公司作出行政处罚，包括罚款和滞纳金等。此外，税务局还有可能将公司列为企业税收违法黑名单，并将黑名单公布给社会，企业以后就无法申领发票，可能会受到更多的行政处罚。 拓展：税务局有权查封公司的账务处理文件，审查公司的税收事项，打击公司税务违法犯罪活动；税务机关应当加强对纳税人的教育和管理，引导纳税人正确申报纳税，完善税务行为监督，积极发现和处理税务违法行为。