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小规模纳税人，按照税法规定也需要像一般纳税人一样缴纳企业所得税，纳税人还只开具部分发票的情况下，计算企业所得税应纳税额时，根据税法规定，纳税人应当根据发票情况，加上其他可能产生的收入，并有恰当的证据以支持其计算结果，计算出各项收入的税负。本案中，若发票的金额只有60万元，剩下的90万元应当在纳税人提供有证据支持的情况下计入应纳税额，那么纳税人应纳税额是根据实际收入情况计算出总额，并根据税率计算出企业所得税的金额。如果纳税人不提供有证据支持的情况下，应按照最高税率核定，计算企业所得税应纳税额。拓展知识：1.纳税人在报税时，应提供真实准确的财务资料，以供税务机关审核；2.企业的会计账簿必须准确和完整。账簿的数据要与发票上的数字一致，以便税务机关审核。