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在分公司付款时，可以由总公司给出发票，但需要说明一下原因才能使开票有效。首先，企业或分公司需要在备案阶段表明总公司所发发票的实质性，例如，总公司的资金出入情况，对方收到付款，以及对方实际发出的发票内容。其次，发票需要由总公司签署，并提供关联性可依据的文件，以证明发票的有效性，以防止税务查询处造假之风。最后，可以考虑做一份说明文件，以提供税务局证明总公司发出的发票的真实性的材料作为有效文件。 拓展知识： 在某些场合中，总公司给出发票可以更有效地实现公司的财务目标，比如节税和抵扣等。另外，在开票的过程中，可以考虑简化税务审核程序，减少财务成本，提高企业审核效率。