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从税务角度来看，个人独资企业法人个人所得税在经营所得申报的汇算清缴时扣除工资本身不是重复扣除，而是根据税务预缴和实际所得的差异来处理的。一般情况下，企业的汇算清缴会根据实际申报所得进行税务缴纳，即个人所得税按税率从月应缴款里面扣除。如果月应缴款大于实际申报所得，企业会根据税务局指示进行税务缴纳，即法人可以申请在综合申报时将多缴税金退回。 拓展知识：零申报的法人个人所得税有几个特点：1、不受扣缴义务人的限制，法人可以自行决定是否申报及期限；2、只有在满足条件的情况下，才能申报，法人需要向税务机关提交申报资料；3、申报所得若超出最高应纳税额，则可申请综合申报，进行减免处理；4、申报个人所得税时，法人可以通过减免渠道申请减免，减免金额等政策请参照税务机关规定。