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专项附加扣除是指各项专项扣除，包括住房贷款利息、住房租金、子女教育、继续教育、赡养老人、大病医疗等。根据《个人所得税法》第12条规定，应纳税人为自己所得应纳税收入所提取专项附加扣除项目，应依法由增值税销项税额扣除。 因此，一个人社保在一个单位交，工资在另一个公司交，那专项附加扣除应该是在增值税所得税的税金计算中，由纳税人自行扣除，并将计算证明凭证提交给税务机关。 拓展知识：专项附加扣除在进行报税时，应由纳税人自行根据自己的实际情况选择其中某一项或多项进行抵扣，只要符合规定的条件且具备相应的资料，可以享受多项专项扣除。纳税人应做好财务分类的准备，以正确识别自己的税负，以期享受更多的专项抵扣降低税收。