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在员工离职去仲裁的情况下，协商支付给员工的协调款的账务处理流程如下： 1. 首先，仲裁机构会根据审理结果出具仲裁书，书中会记载协调支付金额。 2. 接着，公司签发协调支付专用支票将费用支付给员工。 3. 最后，财务部在财务系统中录入协调支付的账务记录，将协调支付记入本月的成本费用，而不是以薪酬类型。 拓展知识： 建议公司制定员工离职协议，其中应该包括员工离职时办理的事项，以及是否有可能发生协调支付等问题，以做到事前预防。当出现协调支付的情况时，会有利于维护公司利益。