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自然人代开运输发票，大部分情况下，是免税的。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八十八条规定，货物运输发票，由自然人代开的，应不征收增值税，但仅限于货物运输时由自然人代开的发票，发票上要注明“货物运输发票”字样，且发票中的设备应有明确的运输去向，并需佐以相关物流证明文件，如货运单等，才能确保其免税资格。此外，如果是货物运费发票，还需要向税务机关申报，并参加国家有关政策性抵扣，例如文化产品运输服务费抵扣，才能得到免税处理。 拓展知识：自然人代开发票有一些必须注意的事项： 1、自然人要办理企业所得税税籍登记，并在税务部门办理发票管理； 2、代开发票的自然人要完成各项审核登记，发票纸和格式也必须满足税务机关的要求； 3、自然人准备充足的发票单据，每张发票必须有清楚的发票编号、发票金额、增值税税率、核算金额等，以便税务机关进行审查； 4、发票不得有任何伪造、变造，或者对税收免征范围以外的业务冒用发票名义； 5、自然人代开发票的同时，要严格完成税务信息的申报和纳税义务的履行。