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首先，根据您的描述，您的公司需要发9个点的发票，给下游13个点，其中13个点包括货款和运费。 但您实际支付出去了6个点。因此，您应该按照13个点来核算运费成本，而不是按照6个点来核算。 这是因为， 13个点含有货款和运费双方的支出，而6个点只含有货款，没有运费。因此，您应该按照13个点来核算运费成本，以保证运费成本的准确性。 此外，我还想补充一下，您的公司在开发票的时候，最好要细致，例如将发票拆分，分别开支货款和运费的发票。这样可以准确、清晰地记录两方的支出以及确定支出的准确性。