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是的，本公司员工制冷证书培训费取得的专用发票3%的税额，可以进行认证抵扣。根据《财政部、国家税务总局关于减免部分企业税收的通知》，针对企业缴纳附加税的最低税率政策实施以来，实施3%的最低税率。一般企业及其就业人员纳税收入达标，按照规定的条件，可以申请享受减税政策，以减免企业纳税收入部分的附加税。因此，本公司员工制冷证书培训费取得的专用发票3%的税额，也可以申请享受减税政策，以减免附加税，进行认证抵扣。 拓展知识： 除了上述减税政策，《财政部、国家税务总局关于减免部分企业税收的通知》还规定，支持民营企业发展的政策，纳税收入前五名个体户可以享受减免税政策，在一定时期内，可以得到更多的减税优惠，进一步降低企业税收负担。