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是的，嵌入式软件申请退税时，正常销售部分会有影响。根据《中华人民共和国反垄断法》第四十六条规定：企业之间的促销行为，包括以减税的方式减少销售价格，有可能影响市场竞争，应当符合反垄断法的规定。由于嵌入式软件退税政策可能会给其他市场竞争者带来不公平的竞争优势，因此企业在申请退税时必须特别注意此类减税行为是否会影响竞争关系，以便有效避免发生反垄断问题。此外，政府机构也可能对此类减税行为进行审查，以确保税收减免不会对市场竞争产生不公平影响。