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不会被扣信用分，但是企业必须按照会计核算软件相关法律法规，在企业管理信息系统中备案会计核算软件才是合法行为。依据中华人民共和国关于企业会计核算软件备案管理办法，企业必须在税务机关登记备案，特别提示企业要建立完善的企业会计核算软件备案管理系统，并定期核查更新企业会计核算软件备案情况。企业有义务按照国家有关法律法规，完成会计核算软件的备案工作，如果企业违反备案管理的规定，会被相关政府部门处以罚款或者其他处罚。 拓展知识：备案会计核算软件可以帮助企业更好地完成会计核算软件的备案工作，包括进行税务报表填写、财务报表备案、会计核算软件安装、状态监测、会计核算软件升级、数据备案等，更有效地达到备案管理的目的，提升企业的财务报表备案水平。