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清包工项目税率3%一般纳税人预缴税款应该按照2%预缴增值税。首先，可以从税率来看，清包工项目纳税人一般可享受到3%的优惠税率，但是针对预缴税款，税法规定按照普通税率2%预缴增值税，而不是清包工优惠的3%。其次，普通税率的调整和变动比优惠税率变动要小很多，更有利于税收的及时性和准确性，也更便于纳税人计算和管理。此外，纳税人预缴税款可以为当期销售额做准备，减少阶段税收的压力，并避免滞纳罚款。总之，清包工项目税率3%一般纳税人预缴税款应按照2%预缴增值税。 拓展知识：根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定，当纳税人的营业收入达到一定的标准时，可以申请一般纳税人身份，这时纳税人可以享受更多的减税政策，比如清包工优惠税率3%、研发费用加计扣除30%-50%。此外，一般纳税人还可享受善后返税、科技型中小企业研发费用抵扣等优惠政策。