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劳务派遣公司差额计税的本期实际扣除额应按照发放工资当期实际扣除额确定，不能仅以当期工程的开票总金额-差额之和来确定。因为，发放工资当期实际扣除额不仅受工资总额的影响，更受个人纳税人的个人所得税 税前扣除额的影响。例如，假设A公司和B公司的工程开票总额都为100元，但A公司发放的薪资全部高于B公司，那么A公司得到的本期实际扣除额将比B公司大，因为年终奖和津贴等个人所得税税前扣除项目都要在计算本期实际扣除额时考虑在内。