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在此情况下，您的公司是不能开发厂房租金发票的。根据《中华人民共和国发票管理条例》，只有实际发生的经济交易或服务行为才可以开发票。厂房租金一般不属于货物或服务，因此不可开具发票。同样，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，地产租赁服务不属于应税服务，因此也不可开具增值税发票。 总之，厂房租金不属于可以开发票的范围，您的公司无法开具此发票。为了避免违反相关法律法规，最好的解决方法是双方签订协议，确认双方合同约定的租金收付情况，用以证明双方权利和义务。