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商业折扣把销售收入和折扣在同一张发票金额栏内分别注明和开一张扣除商业折扣后金额的发票之间的区别有三方面： 1. 进项税额： 在商业折扣把销售收入和折扣在同一张发票金额栏内分别注明的情况下，进项税额按销售收入计算；而在开一张扣除商业折扣后金额的发票的情况下，进项税额按扣除商业折扣后的金额计算。 2. 发票金额：在商业折扣把销售收入和折扣在同一张发票金额栏内分别注明的情况下，发票金额按销售收入计算；而在开一张扣除商业折扣后金额的发票的情况下，发票金额按扣除商业折扣后的金额计算。 3. 税务处理：商业折扣把销售收入和折扣在同一张发票金额栏内分别注明的做法更加受到税务机关的重视。 拓展知识：应税所得率是指，一家企业的经营收支所应纳税的收入总额占年度营业收入总额的比例，简称“应税率”。其衡量一家企业的税收负担水平，及其偿还税款能力的指标，是企业税务成本的重要组成部分。