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企业在更新改造固定资产时领用的工程物资的进项税额可以在工程物资直接参与到改造固定资产的建造，投入使用的过程中抵扣税款。若是领用的工程物资没有及时投入到更新改造固定资产的建造，投入使用的过程中，进项税额就不能作为税款抵扣申请，而是要在销售税额转出时处理，在货物发出之后分摊到下次购置货物作为准备金，并在完成转出后，结合本次购买的工程物资和参与改造的固定资产的本次支出，同时作为本次可以抵扣税额的基础。 另外，在购进工程物资的进项税额转出后，还应该通过合理设置收费项目，避免把全部税款都抵扣完，同时，还可以让企业适时向税务机关申报税款抵扣，以减轻工程物资税款抵扣对财务成本带来的影响。 总之，企业在更新改造固定资产时领用的工程物资的进项税额应该及时转出，以便实现及时抵扣税款。拓展知识： 除了抵扣税款，企业在更新改造固定资产时还可以向政府申请税收优惠政策，以帮助企业更好地实现更新改造目标，减轻企业财务成本，或者争取政府补贴资金等政府支持政策，以及结合企业会计核算，实现合理的工程物资管理。