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针对未开发票在税控系统作废以后，纸质发票处理的问题，要根据发票的使用情况处理，通常有以下几种处理方式： 1. 若纸质发票未使用，可以按照税控系统申请作废手续，需要将纸质发票交回税务机关，由税务机关统一进行销毁或做其他处理。 2. 若纸质发票已对外使用，发票的据实使用情况应在具体的税收情况下详细说明，并将有关发票提交至税务机关。由税务机关根据使用情况进行判断，并依据实际情况作出处理。 3. 如果发票有疑义，可以参考《发票管理办法》等相关文件，对发票情况进行分析总结，并对纸质发票作出处理。 拓展知识：在发票处理中，可以分为税收管理和发票管理两种，税收管理又可分为税收征管、税收行政复议和税收行政纠纷三种，发票管理涉及发票的认定、使用、销毁等。