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小规模纳税人开专票，专家咨询服务费税率为3％。一般来说，税率一般是按照发票类型来确定的，小规模纳税人可以开具增值税专用发票。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，增值税专用发票的税率应按照税务部门的相关规定执行，小规模纳税人开具增值税专用发票税率为3％。 此外，《中华人民共和国增值税法》还明确规定，专家咨询服务费应属于低税率增值税征收管理目标，不包括在普通税率范围内，故专家咨询服务费应按照税务部门规定的3％税率进行征税。 综上所述，小规模纳税人开具增值税专用发票，专家咨询服务费税率为3％。 拓展知识：《中华人民共和国增值税法》规定，除法律另有规定或者国务院规定特别指定的免征项目外，国家对于经济活动增值实行增值税征收，增值税分为普通税率和简易征收率两种税率，其中普通税率分为17％、13％、11％、6％和5％五档，而简易征收率则仅有3％一个税率。