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是的，持有有效的专用发票可以抵扣附加税。抵扣附加税的专用发票通常由购货方在购买时向销货方提供，销货方收到发票后按照税务管理的要求据实开具，并应向税务机关申报、缴纳附加税，按照有关规定执行。除本地企业抵扣本地附加税的发票外，跨地区的购销发票，购货方应当填写《增值税税负分担表》，由购货方承担本地附加税，抵扣本地附加税。 除此之外，有效的专用发票还可以抵扣神农氏附加税和教育费附加等其他附加税。专用发票抵扣的附加税，不用在普通发票中重复缴纳，但是不能将发票用于其他目的，以免被税务机关追税。另外，专用发票中的税款应当按有关规定准时缴纳，以免受到罚款、补税等处罚。